بنابر آنچه در برخى از روايات آمده است، علت واقعى غيبت امام زمان (عج) بر ما پوشيده است (كمال الدين و تمام النعمة، ص ۴۸۲)، در عين حال با استفاده از روايات به عواملى چند در اين زمينه پى مى بريم:
۱ ـ امتحان و آزمايش: غيبت آن حضرت سبب مى شود تا نفاق پنهان عده اى آشكار شود، و ايمان حقيقى محبان و شيعيان واقعى امام (عليه السلام) در كوره ى ولايت امام غايب (عليه السلام) از ناخالصى ها و دورويى ها جدا و پاك گردد و مؤمن از منافق تميز داده شود. حضرت موسى بن جعفر (عليه السلام) مى فرمايد: «هنگامى كه پنجمين فرزند امام هفتم (عليه السلام) غايب شد، مواظب دين خويش باشيد، تا مبادا كسى شما را از دين خارج كند! اى پسرك من! براى صاحب الامر بناچار غيبتى خواهد بود، به طورى كه عده اى از مؤمنان از عقيده ى خود بر مى گردند، همانا خدا به وسيله ى غيبت، بندگانش را امتحان مى نمايد.»(بحارالانوار، ج ۵۱، ص ۱۱۳).

۲ ـ بيعت نكردن با ستمكاران: حسن فضّال مى گويد: على بن موسى الرضا (عليه السلام) فرمود: «گويا شيعيان را مى بينم كه هنگام مرگ سومين فرزندم (امام حسن عسكرى (عليه السلام)) در جست و جوى امام خود همه جا را مى گردند، اما او را نمى يابند.» عرض كردم: به چه دليل؟ فرمود: «زيرا امامشان غايب مى شود.» عرض كردم: چرا غايب مى شود؟ فرمود: «براى اين كه وقتى با شمشير قيام نمود بيعت كسى در گردنش نباشد.»( بحارالانوار، ج ۵۱، ص )۱۱۳.

۳ ـ حفظ جان حضرت: زراره مى گويد: حضرت امام صادق (عليه السلام) فرمود: «اى زراره! قائم ما ناچار است كه غيبت كند.» عرض كردم: براى چه؟ فرمود: «از جان خود بيم و ترس دارد.» پس حضرت با دست به شكم خود اشاره كرد (اثبات الهداة، ج ۶، ص )۴۳۷. امام زمان (عليه السلام) از كشته شدن و مرگ بيم و هراس ندارند، بلكه حفظ جان ايشان به خاطر اين است كه مبادا پرچمِ هدايت زمين بماند، و رشته ى هدايتى كه به پيامبر گرامى اسلام (صلى الله عليه وآله وسلم) متصل است، قطع شود .